В 1982 президент Франсуа Миттеран принял решение о строительстве в Париже новой оперы, «современной и популярной», несущей классическую музыку в массы, с чем Опера Гарнье уже не справлялась.

Местом постройки выбрали бывший Бастильский вокзал (gare de Paris-Bastille), служивший городу с 1859 по 14 декабря 1969 года, находившийся между Лионской и Шарантонской улицами (la rue de Lyon et la rue de Charenton) со стороны площади Бастилии.

В 1983 организован конкурс на лучший архитектурный проект оперы. Его выиграл 10 ноября 1984 канадо-уругвайский архитектор Карлос Отт.

В 1984 начат демонтаж Бастильского вокзала, служившего после своего закрытия площадкой различных выставок.

13 июля 1989 — в двухсотую годовщину взятия Бастилии — Опера торжественно открылась спектаклем в постановке Боба Уилсона «Ночь перед утром» (La Nuit avant le jour). Но постоянно театр заработал только с 17 марта 1990, поставив оперу Берлиоза «Троянцы».

Первые годы работы зала были отмечены постоянными сбоями автоматизированного управления сценических механизмов, что обычно для новых театров, но что, тем не менее, вылилось в несколько парижских скандалов. Проделанный ремонт, осуществленный без закрытия театра, позволил добиться удовлетворительного функционирования всего механического оборудования.

Из-за очень быстрого износа фасада здания государство затеяло судебный процесс против подрядчиков, обвинив их в недоброкачественной работе. Эта длительная тяжба, которую государство выиграло только в 2007 году, не позволяла до этого обновлять пришедшую в упадок облицовку здания.