Основан после распада СССР на базе Молдавского театра оперы, балета и драмы имени А. С. Пушкина, который был в свою очередь создан в 1955 году на основе Молдавского музыкально-драматического театра.

Первый оперный спектакль — «Грозован» Гершфельда состоялся в 1956 году, первый балет — «Бахчисарайский фонтан» Асафьева — в 1957 году. В июле 1957 года оперная и балетная труппы театра выделились в самостоятельный коллектив. Театр ставил произведение молдавских композиторов: оперы — «Аурелия» Гершфельда (1959), «Сердце Домники» Стырчи (1960, в новой редакции «Героическая баллада», 1970), балеты — «Рассвет» Загорского (1960), «Сломанный меч» (1960), «Антоний и Клеопатра» (1965) и «Арабески» (1970) Э. Лазарева; мировую классику и произведения советских композиторов, в том числе оперы — «В бурю» Хренникова (1962), «Оптимистическая трагедия» Холминова (1967), «Укрощение строптивой» Шебалина (1972), «Кето и Котэ» Долидзе (1972), «Алеко» Рахманинова (1973), балеты — «Тропою грома» Караева (1961), «Барышня и хулиган» на музыку Шостаковича (1968), «Кармен-сюита» Ж. Бизе — Р. Щедрина (1971) и др.

Оперная труппа гастролировала в Румынии (1957), балетная — в Болгарии (1971), и позднее во многих других странах мира.

В 1980 году было построено новое здание театра в Кишинёве по адресу ул. Штефана чел Маре, 152. Архитекторы: Н. Куренной, А. Горшков. Скульпторы: В. Новиков, Н. Сажина, Б. Дубровин, Г. Дубровина.

В театре регулярно проводятся различные концерты и фестивали, включая знаменитый фестиваль «Приглашает Мария Биешу».